X战警的故事翻开了新的篇章！在古老的活岛屿——喀拉喀瓦岛上，一个全新的国度成立了，它是为所有变种人建立的天堂，也是全世界变种人的第二故乡。那么，究竟是什么样的变故能使X教授和万磁王两人抛下从前的敌对而携手合作呢？
这一切都要从一个女人的出现说起——莫伊拉·麦克塔格特。
莫伊拉十三岁那年身患重病，医生也无能为力，第二天她却奇迹般地康复了。这是她的异能觉醒的标志，但彼时的莫伊拉并不清楚这一点。后来她结婚生子，于74岁的年纪在睡梦中安然离世。这一生她过得平凡而幸福。
但，莫伊拉的第二世也就此开始。她回到了母亲的子宫中，带着前一世的全部记忆。莫伊拉无法理解自己为什么与众不同，带着种种疑惑，她走上了与前一世不一样的道路。莫伊拉考入了牛津大学，通过学习心理学和生物学的知识来试图了解自己。她在电视上看到了查尔斯（X教授）在公开宣布自己是一名变种人，莫伊拉意识到自己也是其中的一员，于是决定找他了解更多，却于途中坠机身亡。
第三世开始了。在这一世，通过与查尔斯·泽维尔的交谈，莫伊拉发现他并没有自己想要的答案。她开始认为变种基因，就像癌症一样，是一种需要消除的疾病。莫伊拉开始研制变种基因的解药，并成功了。
但魔形女和命运女（可预知未来，魔形女的爱人）得到了消息，她们摧毁了她的实验室。命运女警告莫伊拉，如果她在后面的人生中继续选择背叛变种人同胞，她将会继续追杀她。同时她也告诉莫伊拉，她只有十次循环的机会，如果最后她能做出正确的选择，那么还会有第十一次。为了将恐惧深深植入莫伊拉的心里，命运女下令将莫伊拉活活烧死。
第四世，莫伊拉从全新的角度去看待人类与变种人的关系的问题。在这过程中，她爱上了查尔斯。莫伊拉追随着他的梦想，直到哨兵机器人毁灭了他们。
第五世，莫伊拉提前了与查尔斯见面的时间，并与他共享了前四世的记忆。查尔斯放弃了他和平共处的梦想，转而创造了一座属于变种人的城市，与世隔绝。可还是没能逃过哨兵机器人毁灭的步伐。
第六世，莫伊拉和金刚狼成了全世界最后存活的两位变种人，被终极智人当做宠物一样圈养着。终极智人是人类对自身进行改造的终极产物，他们是人类科学进化的顶点，是至高的存在。一位自称书库管理员的终极智人前来拜访两人，他告诉他们，明天，终极智人一族将会献上自己的全部知识，以求加入矩阵一族，成为更高等的神级文明的一部分，永世存在，不受时间空间的影响。也就是说，这个世界明天就要毁灭了。
莫伊拉大为震惊。但同时书库管理员也提出了一个解决方案——只要在飞升完成之前，莫伊拉死去，就可以抹除这条时间线，让一切重来。而他之所以把这一切告诉他们，是希望莫伊拉可以告诉他如何选择——是彻底失去人性，任由世界毁灭？亦或是失去眼下的一切，从头开始？
他还揭露了一个真相：变种人，自然进化出的物种，一直以来被认为是人类进化的下一阶段。但他们都错了。自然进化的过程必然是缓慢的，在这期间，人类的基础科学无可避免的突飞猛进，直到人类对于自身的改造超越了自然的进化。
首先出现的就是哨兵，哨兵又发展为宁录，而在进化的终点，就是终极智人。他们，才是必然。终极智人的出现改变了一切，他们驯服了宁录，消灭了变种人，现在他们又召唤了矩阵，只求进化飞升。他们以为这样就可达到永存，但殊不知自己只是在引狼入室——矩阵以能量为生，而他们通过吞噬物质来获取能量。眼下，地球文明就是他们的食物。
另一边，眼见莫伊拉无法说服他放弃成神，书库管理员叹一口气，转身离去。但金刚狼转眼就刺穿了他的喉咙，将他钉在了树上。随后，莫伊拉的人生再一次结束。这一次，她对未来必行之事有了些答案。
第七世，莫伊拉致力于消灭创造了哨兵机器人的特拉斯克家族。她将他们赶尽杀绝，却还是无法阻止历史的车轮。哨兵机器人的出现是必然。莫伊拉再次被杀。
第八世，莫伊拉抛弃了X教授，转而加入万磁王的队伍。她激起万磁王对人类世界的怒火，但英雄们联手将万磁王击败。莫伊拉再次死亡。
第九世，莫伊拉转投天启。秉着适者生存的理念，变种人与人类开始了无休止的战争。宁录的上线使战争走向了结尾，变种人的失败无法逆转。莫伊拉带着有关宁录的资料开始了自己的最后一世，也是命运女预言中她的最后一世。
第十世
莫伊拉决定打破常规。在这最后一世，她要做出真正革命之举，彻底改变变种人的命运。她再次找到查尔斯，将自己的全部记忆与他共享。
这使得查尔斯放弃了自己从前的做法。他找到万磁王并分享了莫伊拉的记忆，两人决定放下成见与过往的恩怨，共同为变种人创建未来。
查尔斯和埃里克（万磁王）找到罪恶先生，要求他准备好全部变种人的基因库。事后查尔斯抹除了罪恶先生有关此事的记忆，但其实被洗脑的只是罪恶先生众多克隆中的一个。
查尔斯带译码（能够破译任何语言）来到喀拉喀瓦岛上，要求他创造一套新的语言，属于变种人的语言，同时还能够方便全体变种人与喀拉喀瓦本身进行沟通。
查尔斯找到锻造者（能够快速学习并灵活运用各种科技来制造任何用途的器具）并要求其制造新一代的脑波仪，具备定位、复制并储存全球范围内所有变种人的思维的功能。为以防万一，查尔斯要求准备五个备份。
查尔斯和埃里克向白皇后艾玛·弗斯特提出自己的构想，并请求她的合作。经过一番交涉，地狱火公司加入了喀拉喀瓦。
X战警们在世界各地的重要城市和地区种下了来自喀拉喀瓦的花朵。这种花只要种下，马上就能长成一个传送门，并且只有变种人可以自由通过。
一切准备就绪后，查尔斯通过心灵广播向世界上各个角落的变种人发送了邀请，表示喀拉喀瓦从此是所有变种人的庇护所，也是他们的家。他也向世界上的所有人广播了一则讯息，喀拉喀瓦国成立了，任何变种人从出生之日起即刻获得喀拉喀瓦公民的身份，不受人类法律的束缚，从前被人类法律判处得罪名立刻取消。此外，喀拉喀瓦会向世界上所有承认其主权的国家和地区提供三种药物，一种可以延长五年寿命，一种万能维生素，以及能够治愈精神疾病的药物（三种药物都只对人类有效），喀拉喀瓦国也会积极配合走完新国家成立所需要的流程。在讯息的最后，查尔斯向世界宣布，人类的时代已经过去了，变种人的时代已然拉开序幕。
“看看我们的成就吧。”——万磁王
