因无法使用传送门而闷闷不乐的变种人凯特·普莱德接受了白皇后艾玛·弗斯特的邀请，成为了地狱火公司的红皇后，担任劫掠者号的船长，这让黑国王塞巴斯蒂安·肖十分恼火。当劫掠者们来到台北与毕肖普汇合时，却得知了一个令人震惊的消息——X教授在不久前被人刺杀了......
喀拉喀瓦最重要的领导人之一居然被刺杀了？到底是谁能做到这样的事？喀拉喀瓦又将作何回应呢？
多米诺一个头戴面具，身穿白色西装，右手臂上有着孔雀羽毛纹身的男子用一把小刀轻轻划开自己的手指，滴了几滴血在一个基因检测装置上。这是一道保险措施，为了接下来的会议能顺利召开，在场的每一个人都要进行基因检测，以确保他们中间没有变种人的存在。
周围的人纷纷照做，很快就轮到了一位身穿黑衣，戴着手套的女人。她犹豫的看了一眼身后身形魁梧的安保人员，还是摘下了自己的手套，手套下的手异于常人的白皙——她暴露了。
身后那人一把抓住她的肩膀，却被她反手把小刀刺进手掌。女人放倒身边碍事的人，正要逃离此地，却被人抓住，狠狠的砸在地上。她动弹不得，脸上的面具被摘下——正是多米诺。
白衣男子对着被压制住的多米诺，举起了手中的刀......
喀拉喀瓦野兽正在探索这座岛屿的丛林，突然遭到了动物的袭击。金刚狼一跃而下把动物吓跑了，救下了野兽。他想要把它赶尽杀绝以绝后患，但遭到了野兽的制止。
金刚狼对这种仁慈嗤之以鼻。在他看来，对于喀拉喀瓦所提供的安全感的依赖会使这里的变种人变弱。
黑汤姆·卡西迪察觉到有什么异常的东西正在接近喀拉喀瓦海岸。他前去查看，发现是凯特和劫掠者们回来了（这时的凯特还未正式宣告自己红皇后的身份，所乘坐的船也是临时偷来的，并非劫掠者号）。
他们的船上除了变种人难民，还有一个特别货物——钢力士皮欧特·拉斯普廷。他被X教授送去俄罗斯帮助那里的变种人秘密逃亡喀拉喀瓦，却也因此受尽了折磨，精神遭到了巨大的创伤。如今，他终于回家了。
X教授遇刺在首尔仁川国际机场，几个身形魁梧的人登上了飞往夏威夷檀香山的航班，看上去似乎心怀鬼胎......
喀拉喀瓦这边，X教授正向贤哲表示自己对于多米诺的担忧，她已经消失了一个多星期了，贤哲表示会进行留意。教授穿过传送门，来到了索科维亚。这里即将与喀拉喀瓦签订条约。
在治愈花园中，治疗师正在尽己所能，但来到这里的这些人的情况都很糟糕，他能做的十分有限。琴·格雷试图通过心灵感应感知他们的痛苦所在，却只能看到无尽的伤痛。这些人的心灵已经受尽了折磨，早已是遍体鳞伤。
而在那趟飞往夏威夷的航班上，那几个人已经成功劫机。他们改变了飞机的航线，然后穿戴好装备，就这么跳下了飞机。他们的下方，正是喀拉喀瓦。
黑汤姆·卡西迪首先发现不对劲。他向贤哲了解具体情况，却被告知从天而降的似乎是多米诺，但他并未信服。恰巧此时X教授从索科维亚回来了，卡西迪向他汇报情况，但教授似乎对岛屿的安全问题很是放心，并未把他的担忧放在心上。
随后，那支从天而降的四人小队成功着陆，扣动了扳机。仅是一瞬间，就有大片变种人倒在了血泊之中。卡西迪急忙掩护教授逃离，而分散在岛屿各处的战斗人员紧急参战。
尽管金刚狼、琴·格蕾、野兽等人反应迅速，快速解决掉了敌人，但他们还是漏了一个。黑洞洞的枪口对准了教授的额头，一声枪响过后，地上只剩下了冒着青烟的脑波仪碎片。
X教授，查尔斯·泽维尔，被刺杀了。
悲伤与愤怒万磁王看着躺在地上的老朋友，心中百感交集。他催动磁力，将地上的脑波仪碎片重新拼凑在一起。
在琴·格雷的协助下，两人合力将这个受损的脑波仪重塑成了一柄剑。人类已经证明了友好相处行不通，那就让这把宝剑成为新的起点吧。
野兽和琴找到了备用的脑波仪。野兽一边做着准备工作一边不停说着教授从来都是一个人进行外交任务，不带保镖，简直就是活靶子。琴则表示教授很清楚自己所处的职位有多么危险，这也是他一开始就准备了脑波仪的备份的原因。
尸检经统计，一共有33名变种人丧生，包括查尔斯·泽维尔。被劫持的航班上的其余乘客和机组人员据信都已死亡，但尚未找到尸体及飞机残骸。
可以肯定泽维尔就是此次袭击的主要目标，敌人是为了铲除他而发动了这次袭击。
在泽维尔的体内发现了一件自动导引性装置，应该是在索科维亚期间被掺杂在饮食中服下的。经检查发现这种技术与一个名为“掠夺者”的组织有关，但该组织据说已经解散了。
经过此次事件，决定每日发动电磁脉冲冲击波，清除喀拉喀瓦岛上的所有传统电子设备。
在治愈花园里，雷耶斯医师正在分析杀手的遗体。她发现他们的肺和肾上腺都过大，肌肉组织上有很多的快肌纤维。并且他们的手指没有指纹，骨骼系统也经过强化，在前臂中还藏有额外的骨头，推测是作为隐藏的武器。
而他们之所以被喀拉喀瓦的系统认为是多米诺的原因也找到了——这些人的身上都被移植了一块多米诺的皮肤。
对于杀手们的检查还在继续，但罗根可坐不住了。他要贤哲转告琴，挖出幸存的唯一一个杀手脑中的所有信息，自己则要去狩猎了。
狩猎在首尔仁川国际机场，罗根正在查找这里的监控，但他并不擅长摆弄这些电子设备。一名保安喝着咖啡走了进来，狼叔一个转身就准备一拳放倒他，但却发现面前的保安连同他掉落的咖啡一起被定在了空中。闻到那股熟悉的气味，他知道，是欧米茄小子来了。
欧米茄小子——昆汀·夸尔，一头粉红色头发的欧米茄级心灵感应者，同时也有着叛逆朋克青少年的古怪性格和暴脾气。他和金刚狼也算是老相识了。两人虽然年龄相差甚远，但合作起来丝毫不含糊，很快就找到了可疑地点。
首尔郊外，昆汀和罗根找到了一座印刷厂。迅速放倒看门的守卫后，他们发现这里打印的并不是书本，而是身体。之前派来的杀手并不是改造人，而是在这里被打印组装出来的人造人。
治愈花园里，贤哲也发现了这些杀手的不对劲，他们的身体与常人的构造不一样，似乎是由某种线一层层堆积而成的。琴着手探查杀手的心灵，但她却没有收获什么有用的信息。
首尔的印刷厂里，一个实验体突然活了过来，从背后一把抱住了欧米茄小子。罗根回头就是一狼爪，切掉了实验体的手臂。但欧米茄小子却惊慌的发现，他的能力失效了，这里有某种超能力阻断器。
既然有超能力阻断器，那就说明这里有需要被隐藏起来的变种人，很有可能就是失踪已久的多米诺。罗根意识到了这一点，命令昆汀去把多米诺找出来，自己留下来拖延时间。
昆汀很快就找到了被困在实验舱里的多米诺，此时她的身体上半边的皮肤已被剥离，整个人生死未卜......
后期调查发现，引导多米诺去参加那场会议的牵头人菲尼亚斯·霍克从未存在过，有关他的种种信息都是精心伪造的。这一切从一开始就是一个圈套，而多米诺一直被他们玩弄于鼓掌之中。反变种人势力的力量远比他们最初想象的要强大得多......
