故事发生在小智从阿罗拉回到真新镇的半年后，不喜欢此剧情和CP的勿喷哦！
飞机的舱门一打开小智和皮卡丘便忍不住跑了出去，并且大喊一声。“我说小智，你能不能克制你那激动的情绪，我还没起身都能听见你的声音。”小茂慢悠悠地走出舱门，同时还吐槽小智一句。
“小茂，难道你不兴奋吗？这可是我们第一次来卡纳地区诶！”“皮卡丘”小茂敷衍地说自己是很开心，不过他们现在应该去宝可梦中心向家人们汇报他们已经安全抵达卡皮塔尔市。小智不好意思地挠挠头，表示多亏小茂提醒，不然自己就把这么重要的事情忘记了。
在路人的指导下小智与小茂来到了宝可梦中心。进入宝可梦中心后他们先和自己的家人联络，然后请乔伊检查自己宝可梦的健康。小智注意到了乔伊的护士服自己从未见过，于是好奇地向乔伊询问。
“你问我的护士服啊。其实这是近代时期卡纳地区流行的女性服装—旗袍。因为旗袍是卡纳地区的一种文化象征，而且穿上后行动方便，所以卡纳地区的乔伊都穿这种职业旗袍。”小智望着乔伊身上的旗袍，心想她穿上一定非常得好看。
“乔伊小姐，卡纳地区的宝可梦中心都是配备胖可丁、幸福蛋、花疗环环与差不多娃娃吗？”小茂发现乔伊的身边站着一群宝可梦中心配备的宝可梦，随意地问了一句。乔伊回答说卡纳地区的宝可梦种类最多，宝可梦中心配备的宝可梦多也是很正常的。
“乔伊小姐，你知道马斯特博士住在哪里吗？”乔伊告诉小智她也不知道马斯特住哪里，不过他可以去宝可梦学院的研究馆碰碰运气。询问过宝可梦学院怎么走、并向乔伊感谢道别后小智和小茂向宝可梦学院前进。
当小智与小茂走过一段路程时一只不良蛙忽然在街道上横冲直撞，而他的训练家在后面追赶他。两人正准备要上前制止那只不良蛙时一个带着小智同款帽子、黑发长飘、肩上趴着皮卡丘的少女出现在了众人面前，她迅速地丢出了精灵球。“元气满满地出来吧，君主蛇！”
少女指挥君主蛇用藤编绑住不良蛙，接着再用寄生种子。不良蛙消停下来后他的训练家将他收回到精灵球里，并谢谢少女的帮忙。少女离开后看热闹的行人也都四散开来，继续做自己的事情了。
“这个女生和她的君主蛇都好厉害啊。你说是吧，皮卡丘。”小智随意感慨了一句，但皮卡丘没有附和他。这时小智和小茂才发现趴在小智肩上的皮卡丘不见了，他们四处张望，可是都没有皮卡丘的身影。
小茂推测应该是大家的注意力在刚刚那个意外上时有人偷走了皮卡丘，而且还捂住了他的嘴巴。“可恶，到底是谁抢走了我的皮卡丘，我一定把那个人揪出来！”小智气愤地握拳，恨不能现在就把那人教训一顿。
“小智，皮卡丘失踪的时间并不算长。我们现在抓紧去警察局找君莎小姐报案，肯定会很快找到皮卡丘的。”小智觉得小茂的话很有道理，而且自己在这里干生气也没有用。于是两人向路人询问警察局的地址，然后选择最快的方式前往。
在某个无人的小巷口里一个深粉色长发的女人、一个深蓝色短发的男人与一只喵喵正在放声大笑。“没想到我们会在卡纳地区碰到小鬼头，不过这么快且顺利地抓到皮卡丘，真是好棒的感觉！”
抓走皮卡丘的不是别人，正是之前对小智和皮卡丘死缠烂打的火箭队。原来前几日坂木让他们来到卡纳地区进行征服计划，结果他们碰巧与小智、小茂搭了同一架飞机，并且在下飞机后还发现了小智和小茂。于是他们跟踪两人，最后趁乱劫走皮卡丘。
此时火箭队已经将皮卡丘困在了为他量身定制的防电装置中，任凭他怎么使用电系绝招都没有用。同时由于空间狭窄，他也无法使用其他属性的招式。“皮卡丘，挣扎是没用的，你就乖乖成为我们火箭队的队员吧。”
说完之后火箭队决定寻找合适的地方建立基地，以方便与坂木联络。他们行走的过程中皮卡丘依旧不放弃挣扎，这引来一些行人的注意。为不暴露身份，他们便故意高声说他们是带皮卡丘看病，但皮卡丘讨厌去医院，他们才这样对待皮卡丘。
“请问这只皮卡丘真的是二位的宝可梦吗？”突然刚才那个阻止不良蛙的少女出现在了火箭队面前，语气礼貌但还有几分怀疑地问道。火箭队被她吓了一跳，心虚地说皮卡丘就是他们的宝可梦。
“可是这只皮卡丘看起来除了有些疲劳，好像并没有生病的样子。而且就算他不喜欢去医院，你们也不应该把他关起来呀。对了，我学过关于宝可梦的医学知识，不介意的话能让我看看皮卡丘的情况吗？”
火箭队不想再搭理少女，粗暴地说不需要她的帮助，接着火速逃跑。少女微微笑了笑，然后放出君主蛇用藤编将小智的皮卡丘卷到自己怀里。“你们到底是什么人，为什么要抢走别人的宝可梦？！”
“既然你诚心诚意地发问了，我们就大发慈悲地告诉你。为了防止世界被破坏，为了守护世界的和平。贯彻爱与真实的邪恶，可爱又迷人的反派角色。武藏！小次郎！我们是穿梭在银河的火箭队！白洞，白色的明天在等着我们！就是这样，喵！”
少女没想到喵喵居然会说话，同时又可惜他是邪恶组织的成员。“喵喵，给这个小丫头一点颜色瞧瞧。”喵喵试图用疯狂乱抓，结果中了君主蛇的瞪眼而不敢上前。武藏让果然翁抵御君主蛇的攻击，结果少女让君主蛇使用飞叶风暴直接将他们打飞。
“啊啊啊！都怪这个多事的小丫头，不然我们一定会成功的！好讨厌的感觉！”
