故事发生在小智从阿罗拉回到真新镇的半年后，不喜欢剧情和CP的请勿喷哦！
柚丽嘉跑出教室后兴奋地向小智和皮卡丘打招呼，然后叫醒挎包正在里睡觉的咚咚鼠。咚咚鼠看到皮卡丘后高兴地与他蹭蹭脸颊，并且用电流来打招呼。“柚丽嘉，我跟你们院长打过招呼了，你就带我们在学院逛逛吧。”
三人刚走出教学楼地面忽然猛烈地摇晃起来，紧接着无数的裂缝出现并且涌出了大量的藤蔓。“这些藤蔓不是之前大危机出现的吗？！”大家吃惊地看着这些藤蔓，心想为什么藤蔓又大面积地出现了。
(资料图片仅供参考)
巨型藤蔓肆无忌惮地破坏着密阿雷市，并且对人类和宝可梦发动攻击。小智告诉希特隆与柚丽嘉自己要去找花子和魔墙人偶，让他们先去布拉塔诺研究所，等自己找到花子与魔墙人偶就去研究所和他们会合。
与希特隆、柚丽嘉分开之后小智去商店街寻找花子和魔墙人偶。此刻的商店街上人类与宝可梦四处逃窜，而君莎带领着其他警察在维持秩序。宝可梦中心里挤满了人类和宝可梦们，导致乔伊与胖可丁忙得不可开交。
此时花子和魔墙人偶也在躲避巨型藤蔓的攻击。惊慌失措的她们不知道哪里可以避难，只能跟随人群乱跑。在逃跑的过程中魔墙人偶不小心摔倒，腿疼得无法动弹。花子刚要扶起魔墙人偶时突然有藤蔓向她们袭来。
“皮卡丘，用铁尾！”千钧一发之际小智找到了花子与魔墙人偶，并让皮卡丘斩断藤蔓。小智告诉花子密阿雷市到处都是这些有攻击性的巨型藤蔓，先去布拉塔诺研究所比较安全。原来上次的大危机后密阿雷市有些建筑强化了防御系统，布拉塔诺研究所便是其中之一。
小智背起魔墙人偶带着花子去布拉塔诺研究所，而皮卡丘跟在他们的后面负责保护他们不受到藤蔓的伤害。到达布拉塔诺研究所后小智先安顿好花子和魔墙人偶，然后与大家讨论巨型藤蔓的事情。
大家都清楚上次卡洛斯地区的大危机是弗拉达利带领着闪焰队所为，也许这次的大危机也是有人在背后操纵。布拉塔诺拿出巨型藤蔓的部分说道：“我方才对巨型藤蔓进行了分析，发现藤蔓里面蕴藏着某种能量，就是这股能量在催动藤蔓具有攻击性和破坏性。”
小智听到这里忽然想起了基格尔德说过的话，心想那些藤蔓该不会是负能量引起的吧。他把自己的猜测告诉布拉塔诺，引起了布拉塔诺的深思。“存在于卡洛斯地区的负能量吗？我好像在哪里看到过或是听到过。”
布拉塔诺突然想起自己曾在某本卡洛斯地区的史籍上看到过关于负能量的记载，那本史籍应该还在研究所里的某角落。“如果我没有记错的话，那本史籍叫《卡洛斯古代史》。”听到这里苏菲与小豆荚立刻翻箱倒柜，最终在书架不起眼的角落找到了《卡洛斯古代史》。
根据《卡洛斯古代史》的记载，曾经某位国王为复活在战争中殒命的自己心爱的宝可梦，不惜牺牲其他宝可梦的生命制造了某种兵器。虽然国王复活了自己心爱的宝可梦，但他无法原谅战争的双方，便用这兵器毁灭了一切。
兵器的降临让无数的生命惨死，那无辜可怜的灵魂产生了巨大的怨念，这些怨念汇集成可怕的负能量，依附于藤蔓而四处破坏着。后来传说的宝可梦将负能量封印于卡洛斯地区的土地，守护了卡洛斯地区的安全。
布拉塔诺读完关于负能量的记载后研究所的大门忽然传来了阵阵的敲门声。来者原来是利莫内、大吾和翔太。本来巨型藤蔓出现后利莫内是要去道馆与学院的，接到希特隆的电话之后又前往研究所，在途中碰巧遇到大吾和翔太便一起来了。
大吾让翔太把在弗拉达利财团的旧址找到的手稿拿出来给自己。“之前我猜测巨石不是真的消失，当再次看到那些藤蔓时我就知道我的猜测是正确的。通过弗拉达利的手稿，我们发现了重要的信息。”
根据弗拉达利手稿的记录，从丰缘地区的远古遗迹中发掘出来的巨石蕴藏着原始能量。当巨石的能量与其它强大的能量结合时，就会产生破坏性或者毁灭性的反应。弗拉达利本想利用卡洛斯地区的负能量，但因为条件不允许而把目标转向了基格尔德。
弗拉达利为实现自己的计划做了两手准备。要么让为超级进化的力量所控制的基格尔德，要么让吸取拥有部分基格尔德力量的哈力栗的巨石来完成自己的“伟大抱负”。至于为什么弗拉达利知道负能量，因为他是那位国王的后代，所知道的都是从家族长辈那里听来的。
弗拉达利没想到的是在他用超级进化的力量控制了基格尔德后卡洛斯地区的负能量竟冲破了封印，受到力量的吸引而为基格尔德和巨石所用。不过冲破封印的负能量并不是很多，否则基格尔德可能也不会那么轻松地打败巨石了。
“我想这次密阿雷市出现的巨型藤蔓应该是巨石与什么能量结合所致，而且这种能量有可能本身就具有破坏性，不然藤蔓怎么会主动地攻击人类和宝可梦。”根据布拉塔诺与大吾提供的信息，大家得出的结论是巨石和负能量相结合，才会让巨型藤蔓再度出现。
也就是说，想要根除巨型藤蔓，必须同时解决巨石与负能量。“各位，虽然有危险，但我们不能坐以待毙，必须要尽快找到巨石才行。如果巨石还以百刻市的日晷为目标，那整个世界都将会毁灭。”
大家非常赞同布拉塔诺的话，事到如今也只能这么办了。除了苏菲、小豆荚、柚丽嘉和花子，其余人都离开研究所各自寻找巨石。此时的密阿雷市到处充斥着巨型藤蔓，只有那些拥有强化防御的建筑物比较安全。
这次的大危机小智等人有办法顺利解决吗？
