【前言】
有一千个读者就有一千个哈姆雷特，整篇解读仅代表个人看法。
建议看完TV1-24级+旧剧场版再来看解读，不然你蒙我也蒙。
【资料图】
整部动漫建立在唯心主义，即认可灵魂存在并可收纳之上，以及大量圣经旧约中关于宗教的隐喻。不接受这个设定就很难看懂。
【故事背景】
世界伊始，地球之外诞生了生命之树，由生命之树诞生了亚当之卵和莉莉丝之卵。
亚当拥有生命之果，获得了永恒的生命和可重生的身体，也叫做S2机关；以及强大的精神力量来维持身体形态，也叫做AT力场；
莉莉丝拥有智慧之果，获得了与神等同的智慧但生命力远弱于亚当，也因此没有S2机关；而且精神力量也远弱于亚当，AT力场薄弱；
解释
亚当：圣经旧约中上帝创造出的第一个人类。动漫中显然是把生命之树比作神，由此诞生亚当且被人类称作第一使徒。
莉莉丝：犹太教旧约中上帝创造出的第二个人类，为亚当的第一任妻子。动漫中称莉莉丝为第二使徒。
亚当之卵：又名‘白之月’，内有亚当；莉莉丝之卵又名‘黑之月’，内有莉莉丝。
S2机关：葛城博士提出的S2机关理论的核心，一种为使徒提供无限能源的装置。
AT力场：Absolute Terror直译为‘绝对领域’，指人类和使徒‘肉体和心灵与外界隔绝的墙壁’，凡是拥有AT力场的个体与其他拥有AT力场的个体之间都不能相互理解，而且会互相伤害。
46亿年前，亚当之卵降落在地球的南极，同时带来了朗基努斯之枪和死海文书，不同的是二者落在了死海。亚当繁衍出了第3到第16使徒。
解释
朗基努斯之枪：圣经旧约中刺死耶稣（上帝之子）的枪。耶稣双手双脚被钉在十字架上，名为朗基努斯的百夫长使用一把枪刺杀了耶稣，耶稣流出的血洗涤了人类的罪孽，没有罪孽的人可以升入天堂，回到神的身边，因此称为朗基努斯之枪。动漫中是生命之树的根基，可以破开任何使徒的AT力场，也是进行补完计划的重要工具。
现实的死海文书：别名为死海古卷，被认为是最早的圣经旧约抄本。圣经旧约主要记录了世界和生命的起源（神创论），亚当后代的主要故事，耶稣对人类的救赎以及大量预言。动漫中人类补完计划以死海文书为根基起草。
使徒：由亚当诞生的第3到第16使徒继承了亚当的生命之果，获得了S2机关和强大的AT力场，这些使徒只有一个目标，回归亚当并活下去，可以理解为DNA里的本能。
40亿年前，莉莉丝之卵落在了日本箱根，引发了巨大的爆炸，月亮因此形成，亚当繁衍的使徒陷入沉眠，这次爆炸被称作‘第一次冲击’。莉莉丝体内的液体流出形成LCL之海，是人类生命的起源。
解释
LCL之海：Link Connect Liquid直译为‘关系链接液体’，人类生命的起源，由LCL之海诞生的人类自然继承了智慧之果，虽然获得了等同神的智慧，但是AT力场薄弱，无法维持形体而分散成人类个体，且因为AT力场的存在使得人类个体之间不能相互理解。
中世纪，Seele组织日渐壮大，成为支配人类世界的幕后宗教组织。
解释
Seele：在德语中意为‘灵魂’，‘核心’。从名字也不难看出是宗教组织，TV版中的成员有12位，加上碇源堂共13位。圣经旧约中耶稣在救赎人类时，一共收了13位门徒，前12位门徒是耶稣忠实的信仰和追随者，而其中的犹大因为金钱的诱惑将耶稣出卖给了罗马政府，导致了后面的耶稣之死，犹大作为第13位门徒对耶稣而言无疑是背叛者。动漫中碇源堂对于神而言也无异于背叛者，同时暗喻Seele12名成员是神的忠实信仰者。
1947年，Seele从死海的洞窟中找到了死海文书，获知了世界的起源以及人类的命运，并以此制定了人类补完计划。
解释
动漫中的死海文书：记录了亚当和莉莉丝的存在（生命起源），使徒的存在及其目的且同时获知使徒与亚当结合的后果就是人类灭绝（亚当的后代），人类救赎仪式（耶稣之死），预言了2015年使徒将接连苏醒回归亚当并引发第三次冲击，届时所有人类将成为祭品。Seele认为第三次冲击是神对人类的惩罚，开始了赎罪之旅，由此制定了人类补完计划。
Seele的人类补完计划：
【终极目标】就是通过人类救赎仪式将人类变成橙汁（LCL）回归莉莉丝，以完美无缺的整体存在，这个仪式只能将人类变成橙汁，人类没有选择复活的余地，但这也正好符合Seele的赎罪目标。
【人类救赎仪式（E计划）】
主要方案：莉莉丝，朗基努斯之枪，12台EVA量产机以及相匹配的12支仿制朗基努斯之枪。用朗基努斯之枪处死莉莉丝，释放反AT力场将人类变成橙汁，回归莉莉丝之卵。
备用方案：莉莉丝的复制品（后来的EVA初号机），朗基努斯之枪，12台EVA量产机以及相匹配的12支仿制朗基努斯之枪。用朗基努斯之枪处死莉莉丝的复制品，释放反AT力场将人类变成橙汁，回归莉莉丝之卵。
(((有个bug，剧场版最后看的出Seele和碇源堂是知道神（同时拥有生命之果和智慧之果）是可以召唤朗基努斯之枪的，不然没法解释。
后来碇源堂让初号机吃下S2机关的计划成功实现，Seele坐不住了，这意味着EVA初号机已经不是莉莉丝的复制品而是神，朗基努斯之枪无法处死神只能和神融合还原卡巴拉生命之树，处死仪式变成了还原仪式，人类的命运将掌控在神化初号机（碇唯）手上而不是Seele，人类能不能变橙汁成了问题。而且造神对于Seele而言也是绝对不允许的，Seele开始怀疑碇源堂。
之后碇源堂找机会将朗基努斯之枪丢到月球无法回收，Seele的主要方案直接报废，确凿了碇源堂的背叛，此时Seele已经没有办法，只能采取神化初号机换回朗基努斯之枪的方案，将人类命运的选择权交给神化初号机（碇唯），并祈祷人类能够变成橙汁回归莉莉丝之卵。)))
【主要计划】Seele需要一个机构去执行他的计划，但是这个疯狂且令人难以理解的计划自然不能明地里进行，于是Seele控制了原本直属联合国的人工进化研究所Gehirn（意为‘大脑’，NERV的前身），拥有了科研力量去研究死海文书以及使徒的秘密。
Seele的亚当计划：使徒对于补完计划是一个巨大阻碍，如果不找到亚当并使其可控，在计划完成之前很可能使徒和亚当结合，使救赎仪式告吹，这是Seele不愿意看到的。于是Seele决定率先寻找亚当并通过特殊方法将其卵化。一是确保不会出现突发的使徒和亚当结合，使计划白给；二是可以通过研究亚当来得知对抗使徒的方法，从而为12台量产机的生产争取时间。
卡巴拉生命树：也称为逆生树，犹太教旧约中意为‘通往神的道路’。动漫中指逆向的生命树，能够产生反AT力场。
1999年，六分仪源堂与Seele成员碇唯相识并相爱，之后六分仪源堂与碇唯的老师冬月相识，六分仪源堂的真实目的是利用碇唯接触Seele组织。
2000年，Seele在南极发现亚当，同年在死海找到了朗基努斯之枪，Seele派遣以葛城博士为首的科研队前往南极进行对亚当的实验以及亚当计划，碇源堂，葛城博士的女儿葛城美里也在科研队中。实验过程中验证了葛城博士的S2机关理论，碇源堂获取一手资料后离开南极返回Seele，之后在实验中亚当意外苏醒，科研队迫不得已使用N2地雷对亚当进行热处理，亚当虽然重新沉眠，但是产生的爆炸使南极彻底融化，南极化为血海，海平上升，地轴偏转，地球人口锐减一半，使徒开始苏醒，这次灾难称为‘第二次冲击’。爆炸前葛城博士将葛城美里放入求生仓，葛城美里成为‘第二次冲击’中唯一的幸存者，之后由于无法接受父亲的死亡，患上长达2年的失语症。‘第二次冲击’结束后，Seele对外声称是和使徒接触而造成的，并返回南极回收了亚当的肉体和灵魂。
2001年，碇唯和六分仪源堂结婚，六分仪源堂改名碇源堂。同年碇真嗣出生，其他eva驾驶员也在同年出生。
2003年，Seele发现在日本箱根地下的莉莉丝之卵，并在其中发现了莉莉丝，借此机会建立了人工进化研究所NERV（意为‘神经’），担任EVA系列的开发以及抵御使徒的使命，并在最后执行人类救赎仪式。碇源堂担任总司令，冬月担任副司令，赤木直子担任MAGI的研究开发。同年着手零号机的开发实验，至此Seele已经获得了莉莉丝，亚当，朗基努斯之枪，只需等待EVA系列的开发进而生产12台量产机。
解释
EVA: 复制亚当或莉莉丝的人造兵器，外壳作为约束器约束里面的肉体行动。
MAGI：由赤木直子担任开发的超级智能计算机，是NERV机构的核心。赤木直子将自己的三个人格的逻辑思维模式：科学家，母亲，女人分别植入到MELCHIOR-1,BALTHASAR-2,CASPER-3三个计算机模块中，每个模块都具有对重大决议的一票否决权。
零号机：亚当的复制品，第一台EVA，猜测有莉莉丝的部分灵魂，线索太少很难确定。
2004年，初号机的开发实验中，碇唯为了实现自己的愿望，自愿将灵魂留在初号机体内。
同年明日香的母亲自杀，其灵魂被放入二号机。碇唯‘死’后，碇源堂将碇真嗣送往亲戚家寄宿，并决定暗中执行自己的人类补完计划。同年碇源堂派出加持良治去Seele做卧底。
解释
初号机：切下莉莉丝的双腿制成的莉莉丝复制品，第二台EVA，有碇唯的灵魂。
二号机：亚当的复制品，第三台EVA，有明日香母亲的灵魂。
碇唯的愿望：碇唯想要碇真嗣活下去，因此碇唯不认可Seele单方面决定人类命运的补完计划，更不希望人类在第三次冲击中灭绝，碇唯明白自己的力量根本不足以改变人类的命运，但至少要留下人类存在过的证明，因此碇唯选择将灵魂留在初号机内，希望能在与使徒的对抗中找机会吃了使徒的S2机关，那么此时身为莉莉丝分身的初号机相当于获得了亚当的生命之果，与神无异。旧剧场版最后碇唯和冬月的对话也证实了这个愿望：“就算过了50亿年，哪怕地球月亮太阳都消失，只要有一个人活着，虽然会很寂寞，但是人类存在过的证明将永远存在下去。”
碇源堂的人类补完计划：
【终极目标】实现碇唯的愿望，实现自己的愿望：见到碇唯
【实现条件】①找机会让初号机吃下S2机关，让碇唯成神；②消灭所有使徒，阻止第三次冲击；③碇源堂将亚当的胚胎移植到手上，以此为媒介实现亚当胚胎，完整的莉莉丝，碇源堂的融合，同时获得了亚当的生命之果和莉莉丝的智慧之果且自身灵魂与莉莉丝灵魂相结合的碇源堂，就拥有了永生和完全支配莉莉丝的能力，成为神一般的存在，之后将自己的灵魂与初号机相融，那么碇源堂的灵魂将和碇唯的灵魂将在初号机内相遇并永远地存活下去；④碇源堂需要找机会让朗基努斯之枪消失，一是让Seele补完计划的主要方案直接报废，二是让Seele不得不采取神化初号机唤回朗基努斯之枪的方案，从而使碇唯决定人类命运。
【主要计划】为了保证自己的计划正常进行，表面附和Seele帮助他们完成计划，实际完全将NERV掌控。
碇源堂的亚当计划：派出加持去Seele做卧底，目的是获得Seele的亚当胚胎，并将亚当胚胎移植到手上。
实现碇唯的所有愿望（①②④），最后与碇唯相见（③）。
2005年，葛城美里与赤木直子的女儿赤木律子相识，同年葛城美里与加持良治相识并相爱，之后分手。
2008年，赤木直子完善了MAGI的基础理论，赤木律子加入NERV并投入傀儡系统的开发工作。
解释
傀儡系统：或称‘傀儡插入栓’，赤木律子主持开发，以拥有莉莉丝灵魂和碇唯基因的凌波丽为基础开发的替代EVA驾驶员操纵EVA的系统。本质上是将没有灵魂的凌波丽复制品放入插入栓，由MAGI系统直接操纵EVA，一是防止EVA驾驶员不能驾驶EVA而造成严重后果，二是复制品可以为凌波丽的‘修复’提供材料。
2009年，葛城美里加入NERV，担任作战部长，葛城美里被隐瞒了有关第二次冲击前的历史以及有关NERV总部的部分机密。
2010年，赤木律子完成对傀儡系统的开发，凌波丽诞生。同年赤木直子完成MAGI的开发，碇源堂认为此时的赤木直子已经没有利用价值，而且是一个不稳定因素，利用凌波丽诱导赤木直子掐死凌波丽，赤木直子绝望自杀。不明真相的赤木律子接替母亲位置，成为技术部长。
2014年，‘复活’的凌波丽转入第三新东京市第一中学。
2015年，使徒袭来。
【TV版1-24集】
1. 碇源堂明白只有碇真嗣才能驾驶拥有碇唯灵魂的初号机，于是派遣葛城美里将EVA初号机驾驶员碇真嗣接到NERV总部，同时葛城美里担任碇真嗣的监护人和作战指挥。军队的最强武器N2地雷没能对拥有AT力场的使徒造成任何伤害，无奈将击败使徒的任务交给NERV。第三使徒发现了藏在NERV总部地下的莉莉丝并误认为亚当，对NERV总部发起进攻。碇真嗣拒绝驾驶初号机，但看到受伤的凌波丽要代替他去驾驶初号机时，碇真嗣决定亲自驾驶。
2. 碇真嗣驾驶初号机对抗使徒被打的毫无还手之力，此时碇唯的灵魂苏醒并控制初号机消灭了第三使徒。Seele认为EVA系列的开发已经完善，于是以只有EVA能够对抗使徒为理由获得了多个国家的支持，借助这些国家开始生产12台EVA量产机以及仿制的朗基努斯之枪，进入Seele补完计划的最后阶段。
3. 碇真嗣转入第三新东京市第一中学，同学冬二认为妹妹的受伤是因为真嗣而迁怒于真嗣。
在与第四使徒的对抗中，真嗣为了保护偷跑出来的冬二两人最终消灭了第四使徒。冬二两人对真嗣的态度也逐渐改变。
4. 在与第三第四使徒的对抗中真嗣感到恐惧，选择了出逃，但最终留了下来。
5. 在零号机实验中出现意外，凌波丽的插入栓无法被打开，碇源堂的表现十分慌张，手被烧伤也要救出凌波丽，大概是碇唯‘死’在初号机里时给碇源堂留下的阴影。真嗣对凌波丽有了初步的了解。
6. 零号机和初号机联手消灭了第五使徒。
7. 日本政府认为是初号机没电后发生暴走，因为不可控而十分危险，于是自主研发了可控人形兵器（纯机器人），想以此取代EVA系列来对抗使徒。Seele一看这还得了，这要是成功了其他国家肯定会放弃不可控的EVA来研制可控的人形兵器，成为补完计划的严重阻碍。于是入侵了人形兵器的计算机系统，修改了密码并删除了重要程序，果然在展示过程中人形兵器失控，最终葛城美里结束了这场闹剧。
8. 加持携带亚当胚胎，明日香，二号机来到日本。返回途中亚当胚胎引起了第六使徒的注意，真嗣和明日香联手驾驶二号机消灭了第六使徒。加持将亚当胚胎交给碇源堂，碇源堂开始着手将亚当胚胎移植到手上。
9. 初号机和二号机联手击败了第七使徒。
10. 二号机在捕获第八使徒过程中，第八使徒意外苏醒，最终在初号机帮助下消灭了第八使徒。
11. 三台EVA联手消灭了第九使徒。
12. 三台EVA联手消灭了第十使徒。
13. 第十一使徒入侵MAGI，赤木律子采取促进使徒进化使其自我灭亡的方案，最终消灭了第十一使徒。
14. NERV发现莉莉丝有恐怖的生长能力，于是将朗基努斯之枪插在莉莉丝身上以抑制生长。
（这里猜测是侵入中心教条区的第十三使徒部分与莉莉丝结合了，所以出现生长的状况，还是线索太少，难以成立。）
15. 加持另一个身份是日本政府派来NERV的间谍，以加持不看一眼真相就难受的性格不难理解，最后毫无疑问被NERV发现。葛城美里想阻止加持的危险行为，毕竟身份被发现的间谍基本就是死。加持向美里展示了中心教条区的莉莉丝，但是二者都认为是亚当。
（加持已经发现第三新东京市第一中学是Seele暗中设置的EVA 驾驶员候补地点。）
解释
莉莉丝脸上的七眼面具：圣经旧约中‘七眼’意为‘能看见看清世间一切的神’，动漫中暗喻莉莉丝对人类而言是‘神’。
16. 初号机消灭了第十二使徒。
17. 过渡集。
18. 被选为三号机驾驶员的冬二在对抗第十三使徒时被使徒入侵，碇真嗣拒绝了攻击EVA三号机的命令，于是碇源堂下令使用傀儡系统，消灭了第十三使徒但冬二残疾。
19. 亲眼看见初号机‘杀死’同学冬二，虽然不是真嗣做的但真嗣也接受不了，再次选择出逃。在与第十四使徒的对抗中，明日香战败，凌波丽战败，真嗣决定回去重新驾驶初号机，并在战斗中唤醒了碇唯的灵魂，最终初号机消灭了第十四使徒并吃掉了使徒的S2机关，此时获得了亚当生命之果（S2机关）和莉莉丝智慧之果（初号机原形）的初号机，已经成为了神。碇源堂的补完计划也完成了第一步（①）：让碇唯永生。此时Seele已经怀疑碇源堂。
20. 过渡集
21. Seele绑架了冬月，想从冬月口中获知碇源堂的计划，之后被加持所救。此时加持是NERV的间谍的身份暴露，难逃一死。
22. 碇源堂以消灭第十五使徒为理由，将朗基努斯之枪丢到月球无法回收，碇源堂的补完计划完成了第二步（④）。Seele确凿了碇源堂的背叛，意识到碇源堂想要成神，制定了最后的计划，派出最后的使徒去NERV引发第三次冲击，就算人类毁灭也不能让碇源堂亵渎神的想法得逞，如果失败，就采取进攻NERV抢到神化初号机进行还原卡巴拉生命之树的仪式。（就算还原卡巴拉生命之树，人类命运的选择权也不在Seele手上），这个计划实属无奈之举。
23. 绫波零为了救真嗣，选择了和第十六使徒同归于尽，零号机也因此报废。之后凌波丽又通过傀儡系统复活。Seele要求碇源堂交出凌波丽，作为计划重要一环的凌波丽，碇源堂自然不肯交出，让赤木律子代替凌波丽出席，赤木律子意识到自己只不过是棋子，销毁了傀儡系统。
24. Seele派出有亚当灵魂的第十七使徒渚薰，渚薰为了让真嗣活下去选择了死亡。至此碇源堂的计划完成第三步（②），只差看到Seele进行还原仪式，然后成为神回到碇唯身边。
【旧剧场版】
AIR：Seele先是入侵NERV的MAGI，之后派出军队打算强行占领NERV，又同时派出8台EVA量产机抢夺初号机并吞噬二号机。碇源堂明白NERV被占领只是时间问题，Seele将执行还原仪式，自己要是死在这里就无法回到碇唯身边，已经没有时间了。最终EVA量产机吞噬了二号机并捕获了初号机，虽然初号机里有真嗣但也别无他法，虽然EVA量产机不够12台也别无他法，Seele准备强制执行仪式。与此同时，中心教条区碇源堂准备执行最后的计划（③），等待多时的赤木律子决定启动自爆程序，却被MAGI身为女人的人格一票否决，碇源堂击毙了赤木律子。
真心为你：神化初号机唤回朗基努斯之枪，还原仪式开始。凌波丽一句我不是你的玩偶吞噬了碇源堂手上的亚当并与莉莉丝结合，打算去找真嗣。凌波丽（莉莉丝的灵魂）与真嗣的灵魂融合（相当于把神（大白丽，莉莉丝和亚当的结合）的控制权交给真嗣），同时初号机与朗基努斯之枪结合形成卡拉巴生命之树，碇唯把人类命运的选择权交给真嗣。真嗣认为没有人理解他也没有人拯救他，所有人只会让他受到伤害，选择了让所有人变成橙汁，自己也变成橙汁。之后后悔了觉得不应该是这样，想要回到原来的世界，于是大白丽断头，释放出莉莉丝之卵内的橙汁，初号机携带朗基努斯之枪离开地球，并带走了将人类变成橙汁的绿色十字架，永远的存活下去。所有人类都有重新塑造形体的能力，只要愿意回归有隔阂的世界，最后碇真嗣看见和他躺在一起的明日香，又想起了他人的伤害又后悔了，想掐死明日香，最终没下的去手，明日香看着优柔寡断后悔了又后悔的真嗣，补了句‘你真恶心’（虽然幕后说是意外加的，但我认为是点睛之笔。）
再见了，永远的新世纪福音战士。
